Esomeprazol se usa para tratar varias condiciones relacionadas con el ácido del estómago. Es efectivo para la esofagitis erosiva por reflujo y en el control a largo plazo de la esofagitis curada para prevenir recidivas. Combinado con antibacterianos, puede ayudar a cicatrizar úlceras duodenales y prevenir recidivas de úlceras pépticas asociadas a la bacteria H. pylori. También se utiliza en pacientes que necesitan tratamiento contínuo con antiinflamatorios para cicatrizar úlceras gástricas y prevenir nuevas úlceras en aquellos con riesgo. Adicionalmente, esomeprazol trata la condición de Zollinger-Ellison y previene el resangrado tras la inducción intravenosa en úlceras pépticas. Durante el embarazo, los datos indican que no produce malformaciones ni toxicidad fetal, por lo que su uso debe ser considerado con precaución. No debe usarse durante la lactancia debido a la falta de información sobre su excreción en la leche materna.