Amoxicilina se utiliza para tratar infecciones causadas por bacterias sensibles, incluyendo infecciones de garganta, nariz y oídos (como amigdalitis y sinusitis), infecciones respiratorias (como bronquitis y neumonías), infecciones urinarias sin complicaciones (como cistitis), infecciones de la piel y de heridas quirúrgicas, infecciones dentales, y algunas infecciones del tracto biliar. También es usada para tratar la enfermedad de Lyme en sus fases tempranas y diseminadas, fiebres tifoideas, y para erradicar Helicobacter pylori cuando se combina con otros medicamentos. Además, se utiliza en la profilaxis de endocarditis dental y en el tratamiento y prevención de septicemia, endocarditis, meningitis, pielonefritis y ciertas neuropatías. Durante el embarazo, los estudios en animales y los datos humanos limitados no han mostrado un aumento significativo en riesgos de malformaciones, por lo cual puede usarse si los beneficios superan los riesgos. Durante la lactancia, amoxicilina se excreta en pequeñas cantidades en la leche materna, lo que podría inducir diarrea o infecciones en el lactante, por lo que se debe evaluar cuidadosamente el beneficio/riesgo.